Mit dem deutschen Überfall auf Polen begann 1939 der Zweite Weltkrieg. Als sich die Versorgungslage im Reich im Kriegsverlauf verschlechterte, kam es vor allem in den ländlichen Genossenschaften zu einer neuen Eintrittswelle. Allein die Spar- und Darlehnskasse Landwehrhagen gewann zwischen 1940 und 1942 83 neue Mitglieder. Zahlreiche Familien pachteten ein Stück Land und hielten sich Kleinvieh. Dafür benötigten sie Dünger und Futtermittel, was auf dem freien Markt nicht mehr zu bekommen war, während die Genossenschaften Zuteilungen erhielten. Gleichzeitig stiegen die Einlagen, denn die Menschen hatten mehr Geld, als es Waren zu kaufen gab. Auch die Soldaten ließen sich ihren Sold an die Kassen überweisen, denn sie brauchten kaum Bargeld. So setzte sich „der Prozess der Geldfülle“, wie es in Holzminden hieß „durch verschärfte Einschränkung der Produktion von Gebrauchsgütern für den zivilen Bedarf“ fort, woraus sich der „Zustrom der unserer Volksbank aus allen Kreisen der heimischen Bevölkerung anvertrauten Gelder“ erklärte. Allein 1942 wurden in Holzminden knapp 450 neue Sparkonten eröffnet und die Summe der Spareinlagen erreichte fast zwei Millionen Reichsmark.

Je länger der Krieg andauerte, desto mehr kämpften die Genossenschaften mit Personalmangel. Zahlreiche Mitarbeiter kehrten vom Kriegsdienst nicht zurück. Ende 1944 begann die Wehrmacht, auch die bislang „unabkömmlich“ gestellten Mitarbeiter sowie Frauen einzuziehen. Im Februar 1945 sollte sogar der Vorstand der Volksbank Holzminden, der gerade erst als Ersatz für seinen im November 1944 gefallenen Vorgänger eingestellt worden war, zum „Volkssturm“ eingezogen werden. Die Bank bat die zuständigen Stellen, ihn zurückzustellen: Sie benötigte ihn „dringend als Fachkraft, da das Personal nur aus Lehrlingen und weiblichen Hilfskräften“ bestehe. Außerdem übernahm die Volksbank Holzminden schon seit einigen Jahren die Abrechnungsarbeit der Verteilungsstelle für Schlachtvieh und in den letzten Kriegsjahren stieg auch dafür der Aufwand, da sie für sämtliche Hausschlachtungen auch über den Kreis Holzminden hinaus mitabrechnete. Zudem stieg die Zahl der ankommenden Flüchtlinge, was die Arbeit im Zusammenhang mit der Verteilung von Lebensmitteln vermehrte.

Das Kriegsende im Mai 1945 bewahrte den Bankvorstand schließlich vor der Einberufung. Nach Ende des Kriegs kehrten die überlebenden Mitarbeiter nach und nach an ihren alten Arbeitsplatz zurück, sodass man die Frauen und Kriegsversehrten, die während des Kriegs die Stellung gehalten hatten, wieder entließ. Für viele Mitarbeiter fehlten nun Wohnungen, denn Stadt und Land hatten unter den Bombardierungen gelitten. Auch konnte die Volksbank Holzminden keine Leute von außerhalb beschäftigen, da das Pendeln im „Hinblick auf die derzeitigen Strom- und Verkehrsverhältnisse zur Aufrechterhaltung des Dienstbetriebs nicht tragbar“ war. In Hardegsen blieb bis September 1945 der Güterbahnhof geschlossen, was Getreideverladung und Warenbeschaffung verteuerte. Zudem beschlagnahmten die britischen Besatzungstruppen das Verwaltungsgebäude. Nur mühsam konnten die wichtigsten Unterlagen vor der Zerstörung gerettet werden. Als die Briten das Gebäude im Juli 1946 wieder freigaben, wurden erst einmal deutsche Flüchtlinge aus dem Osten einquartiert, sodass die Genossenschaft nur einen Raum nutzen konnte.